研究院成立以来开展了多项教育研究项目和活动：自2003年起每年出版《中国教育蓝皮书》，以民间视角纪录、探讨中国教育的改革和发展，该书自2008年起，由荷兰BRILL公司开始发行英文版，受到国际社会各界好评；并于2016年起出版《中国流动儿童蓝皮书》；2008年起举办首届“地方教育制度创新奖”，至今已举办了5届，以其独立、公正的评价推动了地方教育的创新，开创了第三方评价政府教育绩效的先河，并于2014年起拓展出“LIFE教育创新”大型系列活动。

　　研究院推出了多项专题研究成果，如关于高考改革、取缔奥数、北京小升初乱象研究、新课改十年、农村撤点并校研究、恢复发展农村小规模学校、在家上学研究、高等教育信息公开等；推出的民间版的“高考制度改革方案”（截至2014年已发布三版）、“教育改革方案”等，为国家《教育规划纲要》的制定建言献策；通过举办高峰论坛、学术研讨会、讲座、教育沙龙、出版等，开展公众讨论，进行教育传播和推广，对我国教育政策的改善发挥了积极的作用。

　　研究院与地方教育行政部门、教育集团、公益组织和学校有广泛的合作，是国内外基金会、研究机构、企业与学校及教育行政部门合作的重要渠道，并为教育行政机构和学校提供管理和咨询服务。在上海社科院智库研究中心发布的《中国智库报告——影响力排名与政策建议》中，2014年、2015年21世纪教育研究院连续两年位列中国顶级智库民间智库系统影响力第2名，2016年在教育类智库专业影响力中排名第3，超过中国教育科学研究院等机构，2017年入选中国社会科学院核心智库名单。